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联想HPC如何成为助力科学家的“幕后英雄”?

中国经济周刊-经济网讯 (记者 孙冰)9月18日消息,能够在国际顶级学术刊物《Nature》上发表研究论文,是对科学家研究成果的极大肯定。当然,这也十分不易。今年5月,中国科学院(下称:中科院)遗传发育所基因组分析平台首席技术专家梁承志教授,就凭借在小麦基因组研究上的创新与突破,获得了这样的殊荣。

联想为中国科学院提供整体HPC解决方案,并共建高性能计算中心

联想为中国科学院提供整体HPC解决方案,并共建高性能计算中心(孙冰 摄

不仅仅是梁承志教授,中科院的许多科学家们,现在都有了一位“好助手”,他们的科学成果都有这位“幕后英雄”在贡献力量,这就是联想为中科院提供整体HPC解决方案。联想支持中科院建设了高性能计算中心,以满足中科院对高性能计算力的需求,为科学家们的各项科学研究赋能助力。

超级计算机助力科学家破解“基因密码”

梁承志教授是中科院引进杰出技术人才,自从2012年回国后,他就一直在中科院遗传发育所从事基因科学方面的前沿研究。“现在,科学研究对HPC集群的依赖程度越来越高,计算对科研的推动是非常巨大的。”梁承志教授告诉记者。

梁承志教授表示,他的主要研究领域是基因组学和生物信息学,他研究工作的重要的目标就是要解析基因组,把基因组里的信息“读”出来,把生命过程转化成信息,也就是生物数字化,然后通过进行数据分析,得出一些规律和知识,这样才能让这些信息来指导我们的生活。

比如,可以应用在精准医疗方面,通过对个人基因组的了解,设计个性化、有针对性药物来解决癌症或者其他各种疾病。再比如,可以应用在植物领域,粮食是国家很重要的战略安全问题,而粮食安全就涉及到育种问题。目前最前沿的分子设计育种技术对基因组的技术,基因组的数据分析能力要求都比较高。

“我们通过大数据的分析,来产生育种相关的新的知识、新的方法、新的理论去指导我们的日常育种工作,提高我们的育种效率。我的团队的一个重要任务就是构建从基因型到表型的大数据分析平台。我们已经开发完成了一个初级的水稻基因组分析支撑平台。以后随着数据的增多,对分子设计育种提供的技术支撑力度也会越来越高。”梁承志说。

在梁承志看来,由于生物大数据有着“三高”的特点,即高复杂性、高不确定性和高维度,这就决定了,对存储和计算都有很高的要求。如果没有高性能集群作为支撑的话,对数据的分析根本没有办法实现。“联想集群的使用,大大提高了我们的数据分析速度和工作效率。”他说。

HPC(High Performance Computing),这种称为“高性能计算”的技术和该技术的衍生品“超级计算机”,一直代表着国家科技综合实力及IT发展的顶尖水平。但遗憾的是,高性能计算行业过去长期被美国、欧洲、日本等发达国家所把持。这种垄断格局,直到联想深腾1800超级计算机的出现,才得以打破,中国才成为了世界“超算俱乐部”中又一名新玩家。

中科院遗传所的梁承志博士

中科院遗传所的梁承志博士孙冰 摄

联想携手中科院打造HPC集群 成功支持重大科研项目

作为我国在生命科学研究领域的权威科研机构,中科院具有较为丰富的HPC集群使用经验,但早期的设备故障率高、稳定性较差,计算性能无法满足中科院的日常科研需求,并且原有机房空调设备老化,耗电量较高,无法支持更多的新购IT设备的散热需求,高性能计算系统升级迫在眉睫。

据介绍,为了更好地满足包括梁承志在内的科学家们的科研需要,联想为中科院遗传发育所建立了一套利用Intel最新产品的HPC平台,在满足云计算方面需求的同时,也为科研攻关提供强大的计算力支持。该平台不仅是国内HPC平台的优秀典范,也真正帮助中科院遗传发育所在学科建设、人才培养和科研等方面保持优势,成功支持重大科研项目。

联想数据中心业务集团中国区政府行业销售总监邰能波表示,联想DSS高端并行存储所提供的存储总容量将近3个PB,是中科院原有的存储系统的约3倍容量,核心的DSS高端并行存储的聚合带宽可达到10GB/s以上,是中科院原有的存储系统性能的2倍。此外,整体交付的模块化机房高效节能,实际PUE约1.5,为中科院节省了大量电费。

“高性能计算诞生的第一个基础应用就是科研,我们知道HPC五大传统领域,第一个就是科技和教育。中国科学院作为中国唯一的官方国际级科研院所,我们之间很早就有非常深度的合作。”联想数据中心业务集团中国区方案营销总监李炜表示。

而与遗传发育所的项目是联想为中科院搭建的第二套以ThinkSystem SD530作为计算节点的HPC项目。此前,联想还携手了中国科学院数学与系统科学研究院,打造了拥有408个计算节点、实现远超客户预期三倍的每秒1081万亿次的运算速度的高性能计算集群。

与此同时,联想还提供了包括NVIDIA GPU、英特尔Xeon Phi在内的异构计算平台、基于联想LEAP的大数据分析测试平台、LiCO集群调度和管理系统,并参与实施了从机房规划、建设到整机柜交付的全周期工程,为其提供了一站式HPC解决方案。

此外,联想还在北京总部EIC搭建有一套576个计算核心的HPC测试集群,专门用于联想与中科院遗传发育所、微生物所等单位的合作研究测试,助力中科院在学科建设、人才培养和科研等方面保持优势,支持众多重大科研项目的顺利开展。

李炜表示,此次项目合作进一步加深了联想与中科院系统各单位的战略合作关系,同时也为全国生命科学领域的HPC平台的搭建起到了优秀的示范作用。未来,联想HPC将继续凭借绿色、经济、高效且快速发展的计算能力,为各行业提供高性能计算技术支持和保障,助力数字化转型。


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(网络编辑:崔晓萌)
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